A pris part aux guerres contre Charles Quint Avait titre de gouverneur et lieutenant général en pays, duchés, comtés d'Orléans, Berry, Chartres, Mortagne et pays Chartrain. Dans les guerres de religion suivi le part catholique et pris part aux sièges de Bourges et Rouen. Il était fils de Louis de Bourbon prince de la Roche sur Yon et de Louise de Bourbon duchesse de Montpensier. Il servit avec son frère dans les guerres contre Charles Quint, en Provence (1536), en Artois (1537), en Roussillon (1542) et en Champagne (1544). Il fut fait prisonnier près de Chalons sur Marne. Libéré, il fit partie de l’expédition chargé de défendre la ville de Metz assiégé par Charles Quint en 1552, puis rejoignit Henri II qui assiégeait Renti en Artois. Fut lieutenant général de Paris (1557), et gouverneur de Paris en 1561. Il fut chevalier de l’ordre de St Michel et avait titre de gouverneur et lieutenant général en pays, duchés, comtés d'Orléans, Berry, Chartres, Mortagne et pays Chartrain. Fut capitaine de 50 hommes d’armes. Pendant les guerres de religion, il prit partie pour les catholiques et prit part aux sièges de Bourges et de Rouen (en 1562) ; il fut cependant modéré vis-à-vis des protestants. La même année, il fut gouverneur du Dauphiné. Il avait épousé Philippe de Montespedon, veuve du maréchal de Montjean et héritière de son père (du fait de la mort de son frère René à la bataille de Pavie) de la terre de Beaupréau. Vieilleville disait de la dame de Beaupréau « qu’elle était très honneste et très vertueuse dame, ornée de grande beauté et fleur de jeunesse, riche au demeurant pour donner la couleur à de telles perfections, de 60 000 livres de rentes de son chef, sans la succession de Mr de Chateaubriand ». Dès leur mariage, Charles de Bourbon fit ériger Beaupréau qui était simple baronnie, en marquisat, puis en duché. Il établit aussi le Chapitre de Beaupréau et l’érection d’une confrérie en l’honneur de la Vraie Croix. Charles de Bourbon prince de la Roche sur Yon tomba gravement malade le jour de la visite du roi Charles IX à Beaupréau le 9 octobre 1565. Le roi se rendait alors en Bretagne, accompagné de sa mère Catherine de Médicis, de la reine de Navarre, d’Henriprince de Béarn (futur Henri IV) et d’une suite de nombreux gentilhommes. Toute ces hotes furent reçus avec magnificence dans une grande salle, décorée de somptueuses tentures qu’on avait fait construire au milieu du parc. Charles de Bourbon, mourant, n’assista pas à la fête. Il rendit son dernier souffle le lendemain du passage du roi et fut inhumé dans un premier temps à l’abbaye de Bellefontaine. Sa femme fit transférer sa dépouille dans l’église collégiale de Beaupréau