Commandant un corps de cavalerie pendant la Ligue, il fut défait et déclaré prisonnier de guerre. Son château de Coëtion fut pillé et en partie brulé, ce qui entraîna la disparition de toutes ses archives (BN, Nouveau d'Hozier, f° 31 et 32). Après avoir payé une forte rançon et recouvré sa liberté, il fut trouver Henri IV à Lyon, où, le 6 septembre 1595, il lui fit serment de fidélité et en reçut une sauvegarde Acte devant Montfort et Mazot, notaires à Ploërmel (BN Mss. Fr. 30.351, f° 318). Cet acte était aux archives de la Bretagne. Le 20 décembre suivant, le seigneur de Saint-Luc lui donna un passeport « pour lui, chevaux, armes et équipages », aux conditions de n'entreprendre aucun acte d'hostilité. Le 1er janvier 1598, il reçut des lettres de commandement comme gouverneur de Donges et de Montoire, à l'embouchure de la Loire, aux gages de 600 livres par an. Le 18 juin 1598, il donna un partage Acte devant Montfort et Mazot, notaires à Ploërmel (BN Mss. Fr. 30.351, f° 318). Cet acte était aux archives de la Bretagne. noble en juveigneurie à Jean son frère cadet, seigneur de Brats, dans les successions de leurs père et mère ; le 9 décembre 1616, tous deux passèrent un acte portant échange de la maison et terre de Brats. Le 21 mai 1617, Gilles et sa femme partagèrent noblement leurs biens entre leurs dix enfants, leur fils Charles, seigneur du Boisguérin étant aîné, héritier principal et noble, voulant qu'ils « ne pussent rechercher ni demander autre partage à l'avenir, attendu leur qualité de personnes nobles, voulant que leurs puïnés disposassent entre eux à la coutume des cadets nobles de ce pays, des terres nobles du Boisguérin et de Rengervé. » Ce partage ayant plus tard donné lieu à des contestations, une transaction (Archives de la Bretagne et de la BN, Carrés d'Hozier 122 ou Mss Fr. 30.351, f° 178) fut passée entre Charles et ses frères cadets le 26 août 1636. Il y était stipulé qu'après avoir reconnu le gouvernement« noble et avantageux de tous temps et les assises du comte Geffroy pratiquées entre leurs prédécesseurs », Charles abandonnerait aux cadets la terre de Rengervé et autre biens, à condition qu'ils la tiendraient de lui « à devoir d'hommage comme juveigneurie d'aîné ».